光动力疗法中最常见的副作用主要有以下几种：
（1）药物过敏反应大多数文献报道在注射血卟啉衍生物（HPD）中发现过敏性休克反应，也发现缓慢性出现的胸闷、心悸不适等表现。因此，必须在用药前严格药物皮肤过敏试验，阴性反应方可用药，如在用药后一旦出现以上症状反应，经及时对症处理会很快缓解。反应极严重者，应于用药中终止，并按休克处理。
（2）热反应 有3％病人直接静脉注射血卟啉衍生物（HPD），在用药当天可出现低热，常在38℃左右。采取缓慢静滴时可减轻发热反应。如发热38℃以上者可用少量退热药如阿斯匹林、APC口服控制；发热轻者不必用药降温常可自然退热。
（3）皮肤光毒反应出现此现象主要是在注射血卟啉衍生物后避光不当所致。在用药后一周内由于白炽光或阳光直接照射、接触温水时均可出现皮肤痒感、红斑、水肿，严重者可起水泡，溃破后形成糜烂或溃疡。据报道发生皮肤光毒反应的约占2％，因而在注射血卟啉后必须避光3周，有的避光时间还要稍长，约4周。有条件的可定期检测血药浓度，每mL含0.15mg以下者，可不避光。如光毒反应强者口服息斯敏、苯海拉明、扑尔敏及皮质激素类药物可减轻，一般轻者可自愈，如个别光毒反应严重的要极积对症处理。
（4）皮肤色素沉着经注射血卟啉物（HPD）的患者，虽然没被阳光直接照射，仍约有半数出现皮肤变黑色（黑色素沉着），约2～3月后自然消退，一般无自觉不适症状。
（5）SGPT升高 应用HPD（血卟啉物）的患者约有2％出现SGPT升高，适当保肝治疗后可逐渐下降，其原因是血卟啉物（HPD）通过肝脏代射，可能对肝细胞有干扰作用，致SGPT升高，因而手术前SGPT有偏高患者须慎用。
总的来看光动力疗法的毒性作用少，最常见的为皮肤轻度色素沉着，少数患者在用药后有低热，转氨酶升高，或因不严格避光而引起皮肤外露部位出现光毒反应，一般经及时处理后都能很快恢复正常。最严重的是过敏反应性休克，严格皮肤划痕试验均可以避免。
过敏性休克的处理：HPD过敏性休克与青霉素过敏性休克相似。在HPD注入机体后成为抗原，机体无抗体产生而细胞释放儿茶酚胺、五羟色胺等血管活性物质，致血溶量下降。过敏性休克发生可按青霉过敏休克处理，应用缩血管药（副肾素），加强回心血量及心收缩力。静脉滴入或注入氟美松20mg，补充血溶量。静脉滴注时可考虑加入能量合剂，保护大脑血供，同时给予吸氧。切忌过敏性休克发生时，不能按以往轻症反应处理。监测肾功能。
